En primer lugar exploró los territorios costeros inexplorados del norte de Zanzíbar, desde Mombasa a Lamubai, descubriendo las bocas del río Tana y del río Osi, y luego se decidió a explorar el interior, con el objetivo de llegar a Witulandia (hoy Suazilandia) que había sido explorada por Richard Brenner.
Pero Fischer quedó detenido debido a la temporada de lluvias durante un mes en Kipuni, en la desembocadura del Osi.
Se quedó allí un mes, y luego volvió a Zanzíbar por Kipini.
Fischer, que había sufrido fiebres tropicales, se curó y decidió establecerse allí como médico.
En noviembre de 1883, decidió regresar a Alemania para recaudar nuevamente más fondos.
Hizo otro viaje a África en 1885, para intentar reunirse y encontrar al italiano Gaetano Casati, a Emin Pasha y al ruso de ascendencia alemana Wilhelm Junker, que estaban desaparecidos en el interior, en las provincias ecuatoriales.