[3] En 1488 su padre Hernán Peraza es asesinado por sus vasallos durante la conocida como rebelión de los gomeros, quedando Guillén y su hermana bajo la tutela de su madre.
En 1498, esta se casa en segundas nupcias con Alonso Fernández de Lugo.
En 1504 quedó bajo la curaduría de su padrastro Alonso de Lugo al fallecer su madre inesperadamente en Medina del Campo.
No obstante, sus vasallos gomeros, no contentos con el gobierno de Lugo, exigirían a este la entrega del menor, logrando en 1505 del rey Fernando el Católico una real provisión que otorgaba la emancipación de Guillén.
[4] En 1530 Guillén ingresó como caballero en la orden de Santiago por gracia del emperador Carlos.