Se ganó la estima del papa Benedicto XIII, que lo hizo su asistente y lo consagró obispo.
Este proceso se hallaba suspendido desde 1696, debido a que en la congregación para la causa de los santos no se había logrado los votos necesarios para la aprobación de los milagros propuestos.
También fue nombrado prelado doméstico del pontífice y asistente al Sacro Solio Pontificio.
Finalmente llegó la real cédula que le dio la razón al obispo, que pudo así consagrar el templo al santo arzobispo de Lima.
Fue recibido con júbilo, al recordarse que había sido alumno del seminario local e hijo del antiguo corregidor de la ciudad.
El historiador Rubén Vargas Ugarte señala que no se tiene muchas noticias de los cinco años de su gobierno episcopal en Trujillo.
Para evitar más tensiones que podían agravar su salud, decidió retirarse a Cochabamba (cuyo clima más sano creyó que podría mejorarle), dejando en La Plata a dos prebendados como gobernadores.