[1] Retirándose del cargo cuando Antonio López de Santa Anna o cuando se disolvió la federación en 1836, El gobierno le declaró una tenaz persecución por seguir militando en las filas liberales, En el año de 1839[2] tuvo que salir del Estado hacia Colima y allá siguió siendo atacado por el gobierno centralista; fueron sus compañeros.
Incorregible enemigo de la República Centralista, siguió hostilizando a Gregorio Dávila, le ordenaron al general Navarro a que lo aprehendieran y tuvo que esconderse en Guadalajara.
Por segunda vez volvió a sufrir de persecuciones y en 1845 emprendió el camino del destierro a Veracruz, donde sufrió los primeros síntomas de su enfermedad.
Fue enterrado en el Panteón de Belén, despidiéndolo con una oración fúnebre escrita por el Lic.
Antonio Pérez Perdía y leída por el Licenciado Ignacio Luis Vallarta.