Se desempeñó como fiscal suplente de la República, asistiendo al "grupo antimafia"[1] durante varios años junto a Antonino Caponnetto, Giovanni Falcone, Paolo Borsellino, Gioacchino Natoli, Giuseppe Di Lello y Leonardo Guarnotta.
Fue elegido al Parlamento de la República en las elecciones de 1992, poco antes del asesinato de Giovanni Falcone y Paolo Borsellino (magistrados del grupo antimafia con el que Ayala había sido interlocutor en el Ministerio Público y amigos), consiguiendo su escaño por las filas del Partido Republicano Italiano (PRI).
En 1998 se inscribió en el Demócratas de Izquierda (DS), partido con el que fue elegido senador desde 2001 hasta 2006.
Expresó sus dudas sobre si solo la mafia estuvo involucrada en el asesinato de Giovanni Falcone.
[3] En 1993 publicó el libro titulado La guerra dei giusti: I giudici, la mafia, la politica , detallando sus experiencias en política y sus encuentros con la mafia.