De hecho, la denominación del ministerio varía con el tiempo en relación con esta actividad.

Muchas competencias han cambiado con el establecimiento del Consejo Superior de la Magistratura en 1958, que ha eliminado del ministro los poderes relacionados con el reclutamiento, nombramiento, transferencia, ascensos, sanciones disciplinarias y renuncias de los magistrados, tanto ordinarios como honorarios.

[3]​ Está organizado en oficinas que colaboran directamente con el ministro y en cuatro departamentos.

Al frente de cada departamento está un director general, apoyado por dos adjuntos.

Los centros de menores divididos territorialmente en doce centros presentes en toda Italia a nivel regional o que agrupan dos o más regiones dependen del ministerio.

El Instituto tiene sus propias oficinas descentralizadas en Castiglione delle Stiviere (Mantua) y Mesina.

Contiene importantes innovaciones organizativas, casi revolucionarias, como: La reforma aún no se ha aplicado, también debido a la resistencia del poder judicial asociado, temeroso de perder el control que tiene sobre la administración.

Sin embargo, la gran mayoría de las actividades informáticas —incluido el tratamiento de datos sensibles— son realizadas por técnicos subcontratados que operan como si fueran empleados públicos —con un doble coste pagado a las empresas— en el contrato de la asistencia técnica unificada (ATU) adjudicado esencialmente a las mismas empresas durante muchos años.

Bajo el ministro Angelino Alfano continuó una política de nombramientos cuestionable y poco transparente, cuyo objetivo era nombrar magistrados o personas ajenas a la administración para puestos directivos, sin las competencias adecuadas.

Con motivo de la creación del nuevo Organismo Independiente de Valoración (OIV), que substituye al Servicio de Control Interno (SECIN), el magistrado Angelo Gargani —posteriormente implicado en la investigación sobre la supuesta Logia P3— fue nombrado presidente, y Angelo Giorgianni, también magistrado, exsubsecretario del Ministerio del Interior en el primer gobierno de Romano Prodi, obligado a dimitir en la polémica, y el empleado administrativo Lello Casesa, todos con rango y salario de directores generales, como miembros.