Se graduó en Derecho por la Universidad de Florencia, ingresando en la carrera judicial en 1954.
Su carrera dio un giro radical en noviembre de 1983 cuando tras el asesinato del juez Rocco Chinnici, fue trasladado a Palermo para ocupar su puesto.
El Consejo Superior de la Magistratura prefirió a Antonino Meli a él, y Caponnetto nunca ocultó su fuerte amargura por esta decisión, debida, según sus palabras, a "cinco abstenciones vergonzosas, letales y dos mayoría de votos".
Posteriormente se dedicó a actividades políticas en apoyo de la legalidad y la justicia social.
En 1999 organizó el primer "Encuentro de Legalidad", evento anual que reunía a periodistas, magistrados y asociaciones civiles.