Siendo considerado el sucesor de Carlos Valderrama, en la selección tuvo la continuidad que esperaba y jugó varios partidos.
Durante ese mismo año, Giovanni conformó un gran mediocampo en Deportivo Cali, jugando junto a Elkin Murillo y Jairo Patiño.
Sin embargo, en la Copa Libertadores, los verdiblancos sólo pudieron llegar hasta octavos de final En el segundo semestre del 2003, Giovanni pasó a ser jugador del club argentino Club Atlético Colón; y se estrena marcando su primer gol en el primer partido con el conjunto rojinegro disputando la Copa Sudamericana 2003.
Gracias a esta pieza y al equipo en general, Colo-Colo (en esa época dirigido técnicamente por Claudio Borghi) salió campeón del Torneo Apertura 2007 y también del Torneo Clausura 2007 chilenos.
En 2009 el Junior paso a la final del Torneo Apertura, pero cayó en el marcador global frente al Once Caldas por 5-2.
[3] Después de ya haber sido oficialmente excluido del Club, llegó a acuerdos con las directivas firmando un contrato por dos años.
Luego a finales del 2011 en el Torneo Finalización repite título con Junior, siendo la figura del partido decisivo contra Once Caldas junto a Vladimir Hernández, Sebastián Viera y Carlos Bacca, logrando así la séptima estrella para el equipo tiburón.
En la octava fecha del torneo apertura 2012, anota de penal, en dos ocasiones, su tercer y cuarto gol de la temporada, en la victoria 3 por 1 frente al Boyacá Chico, lo que hace que hasta esta fecha sea el goleador del Atlético Junior.
Ante el Tolima, de tiro libre, anota su séptimo gol en el certamen y el número 42 en el Junior.
Su mayor logro con la selección cafetera fue alzar el primer título internacional a nivel de la CSF, la Copa América 2001.
En septiembre de 2009, regresa a la selección gracias al ser llamado por el técnico Eduardo Lara.