El Estado Mayor forma parte del Ministerio de Defensa, el cual se encuentra cargo del comandante general, el cual regula la formación y el uso de las Fuerzas Armadas.
En la paz, el Comandante en Jefe ejerce su mando a través del ministro de Defensa.
En la guerra y en los casos en que el ministro de Defensa no está cumpliendo órdenes, el comandante en jefe ejerce su mando directamente a través del comandante general de Personal.
El Estado Mayor croata ejerce mando directo sobre el batallón que es muy importante a nivel estratégico por su capacidad de reacción rápida.
La modernización se lleva a cabo con el objetivo de que fuerzas armadas puedan enfrentar los desafíos del siglo XXI.