Comenzó su trayectoria deportiva en el Atlético Huila, luego tuvo un breve paso por Argentina, y jugó dos años en Francia con Saint-Étienne.Él hizo un nombre por sí mismo con el Porto en Portugal, donde pasó cuatro temporadas y ganó diez títulos más importantes, incluyendo tres campeonatos nacionales y Europa League 2011.También jugó en diferentes ligas de la ciudad y luego llegó a las inferiores del Deportes Tolima.Sus derechos deportivos fueron adquiridos por Envigado F. C. equipo de la Primera A del fútbol colombiano.Esa temporada, en la que su equipo ganó el Torneo Clausura, Guarín debutó con la primera plantilla del club y jugó en dos ocasiones.En agosto de 2006 Boca Juniors intenta fichar a Freddy, pero finalmente se marcha.En 2008 recomendado por Wason Rentería firma contrato con el Porto de Portugal.Desde ese entonces, Freddy Guarín ha sido caracterizado por sus potentes remates desde media distancia y su capacidad de generar juego.Pese a estar en el Inter y al no haber jugado partidos de la liga de campeones 2011/12, Guarín no podrá jugar lo que queda del torneo continental por haber sido inscrito por el Porto para jugar en la fase de grupos.Después de superar su lesión en la pierna derecha, Guarín es convocado por primera vez a un partido del Inter, no jugó pero fue catalogada esa convocatoria como el trampolín a una continuidad mayor que la que vio en el Porto dirigido por Víctor Pereira, ese partido lo perdió el Inter 2 a 0 frente a la Juventus, equipo que también se interesó por Guarín.[6] En el Inter de Milán logra tener un nivel extraordinario logrando llegar a ser una referencia para el club, y acaparando la atención de grandes clubes europeos.En agosto de 2020 se anuncia su salida del Vasco da Gama[14] aludiendo problemas personales en Colombia.Aunque el jugador tuvo una estadía corta en el club fue calificado gratamente por los hinchas[15] El día 16 de diciembre se especula su llegada a Millonarios para la temporada 2021, club del cual es hincha,[16] al mando del profesor Alberto Gamero, quién estaba en busca de añadir un jugador experimentado a la plantilla que formó, a partir de las fuerzas básicas del club.Ganó una Medalla de oro en los XX Juegos Centroamericanos y del Caribe con su selección.
