El año siguiente hizo su debut en Serie A, jugando 4 partidos en el Cagliari.

Como entrenador comenzó como segundo de Renzo Ulivieri en el Bolonia y el Napoli.

[4]​[5]​ Aquí Mazzarri pasó tres años muy importantes: en su primer campeonato, llevó los amaranti al décimo puesto en Serie A; el año sucesivo, pese a un inicio complicado, logró una tranquila permanencia en la élite.

[8]​ Mazzarri tuvo también el mérito de revitalizar a Cassano, tras unos grises años en el Real Madrid.

La temporada siguiente no fue tan exitosa: el equipo genovés concluyó la liga en el decimotercer lugar y fue eliminado de la Copa UEFA ante el Metalist Járkov en los dieciseisavos de final.

Después de un empate por 2-2 en remontada contra el Milan en el San Paolo, el Napoli venció 3 a 2 contra la Juventus, 21 años después de la última victoria azul en Turín.

[13]​ La temporada siguiente comenzó con la ronda de play-off de la Europa League, que opuso al Napoli con el Elfsborg sueco: los partenopeos pasaron la ronda con dos victorias (1-0 en Nápoles y 0-2 en Suecia).

El debut en la liga fue en el Estadio Artemio Franchi ante la Fiorentina (1-1, con el primer gol de Cavani en la Serie A).

[23]​ Una vez acabada la temporada, Mazzarri amplió su contrato con el club por un año más.

[26]​ El equipo inglés terminó la primera vuelta de la Premier League como 13.er clasificado y finalmente logró la permanencia en la élite sin problemas, aunque sufrió una mala racha de resultados en la recta final del torneo que le llevó a terminar en la 17.ª posición.

[28]​ Se hizo cargo del equipo granata cuando ocupaba la 10.ª posición al término de la primera vuelta de la Serie A, y lo dejó en idéntica situación al finalizar el torneo.

En su primera temporada completa en el banquillo del Torino, obtuvo la clasificación para la Liga Europa al terminar 7.º en la Serie A.