Tras volver a Ávila, el arzobispo Fernando de Valdés y Salas le dio plazas de inquisidor en Córdoba, Sevilla y Toledo, y posteriormente del consejo de la Suprema.

En 1572, el rey Felipe II le nombró comisario general de Cruzada.

Su experiencia como inquisidor le sirve para que el rey Felipe II confíe en él para presidir el tribunal de la Inquisición de Llerena de 1576 contra los alumbrados, cuyo principal líder era el clérigo Hernando Álvarez.

El obispo Soto investigó y averiguó los hechos que allí habían ocurrido hasta morir en enero de 1578.

Fue enterrado en el convento de Santo Tomás, en Ávila.