Este nombramiento fue recibido en gran medida gracias al emperador Carlos V, que recompensó a los Álava por su fidelidad tras la Guerra de las comunidades de Castilla (1520-22).
Estos cargos continuaron y Diego de Álava fue nombrado vicario, juez metropolitano y provisor del obispo de Salamanca.
[3][4] El verano de 1545 acudió a las sesiones del Concilio de Trento pese a sus dificultades económicas, aunque tuvo ocasión de mostrar su orientación religiosa, tal y como muestra un tratado teológico que dejó escrito.
Sin embargo, el obispo no acudió a Granada hasta septiembre de 1549.
La incompatibilidad geográfica entre su obispado en Ávila y su presidencia en Granada hizo que el rey Felipe II lo nombrara en 1557 presidente de la Real Audiencia y Chancillería de Valladolid.