[2]​ En el año 1749 dejó el cargo burocrático y el 14 de noviembre entregó un archivo a Juan José Moreno quien hizo posteriormente un inventario al respecto.

[4]​ Al año siguiente retomaría el puesto pero volvería a dejarlo en 1751, y al poco tiempo Andonaegui elegía para el mismo a Miguel Pérez de la Mata (que lo ocuparía hasta 1755).

Dicho tratado provocaba una controversia entre los guaraníes ya que en los territorios lusitanos se permitía la esclavización de los aborígenes mientras que en los territorios hispanos todos los indígenas pasaban a ser súbditos del monarca español, gozando así de su protección, por lo que no podían ser esclavizados.

Al poco tiempo Pérez de Saravia, acompañando a Cevallos, partió hacia las misiones jesuíticas, donde el gobernador se enteró de que los monjes estaban colaborando con el traslado y que injustamente a los indígena se les obligaba a cambiar de ubicación sin retribución alguna, por lo cual se instaló en San Borja, uno de los siete pueblos de las Misiones Orientales, y desde allí controló y organizó el traslado con mejores condiciones.

Además, exigió a los portugueses la entrega inmediata de la Colonia de Sacramento que estipulaba el Tratado de Permuta, a lo que estos se negaron, y en consecuencia, no arrestó a los religiosos rebeldes ya que no entregaría los territorios a los lusitanos, convirtiéndose el gobernador Cevallos en el principal protector de los jesuitas en la región, cualidad que lo distanciaba con Saravia que era un convencido antijesuita.

Cumpliendo la orden, al año siguiente, el gobernador Bucarelli comenzaría la campaña hacia las misiones con la orden de expulsión, y el 16 de junio de 1768, junto a Saravia y otros hombres llegaron al río Uruguay y restauraron el abandonado fuerte San Antonio del Salto Chico (que originaría a las actuales ciudades de Concordia y de Salto).

[16]​ Por orden del gobernador Bucarelli que cumplía el real decreto, Saravia se encaminó especialmente a Concepción para apresar y desterrar al jesuita José Cardiel, y luego se dirigiría a Santa Ana, Loreto, San Ignacio Míní, Corpus y otros pueblos más, para hacer lo mismo.

[17]​ Al cumplir dicho objetivo en julio del mismo año, los misioneros de otras órdenes religiosas como los dominicos —que administrarían Yapeyú, San Borja, San Nicolás, San Carlos, Mártires, San Ignacio Miní, Trinidad y Santa María de Fe— los franciscanos y los mercedarios, tomaron a su cargo los pueblos jesuíticos, y gracias a la autoridad conferida por el conde de Aranda dictó las ordenanzas del 23 de agosto del corriente, por el cual dividió el territorio general de las Misiones entre dos gobernadores interinos: al capitán Francisco Bruno de Zabala le asignó los diez pueblos de las Misiones del Uruguay, con sede en San Miguel —siendo estos las reducciones de Yapeyú, La Cruz, San Borja, Santo Tomé, San Nicolás, San Luis, San Lorenzo, San Juan y Santo Ángel Guardián de las Misiones— y al capitán Juan Francisco de la Riva Herrera, los otros veinte pueblos con centro en Candelaria.

El gobernador militar subordinado y sus tenientes administraban los asuntos de guerra, justicia, policía y real hacienda, mientras que en lo eclesiástico solo ejercía el gobernador bonaerense, eligiendo al cura y su compañero para cada pueblo de una lista presentada por los obispos de Asunción o de Buenos Aires según la jurisdicción.