Posterior a la derrota de Gerardo Barrios, por las fuerzas del General Rafael Carrera, asume la presidencia de El Salvador, en la cual se mantendría por medio modificaciones a la Constitución, hasta ser derrotado en la revolución de 1871 por el general Santiago González.[2] Sería elegido Presidente para el periodo 1852-1854; durante su mandato se haría esfuerzos por liquidar la deuda pública; mejorar los caminos, puentes, y calzadas; y fijar un reglamento para el protomedicato.[6] Durante este mandato ordenó la movilización de ochocientos hombres hacia Nicaragua al mando del general Ramón Belloso para combatir en la Guerra contra los Filibusteros.Después del regreso de las tropas de la Guerra de Nicaragua, y de la remoción del general Barrios en la jefatura del Ejército, este recurre al entonces Vicepresidente Dueñas y entre ambos acuerdan deponer a don Rafael Campo; en la proclama que hizo Barrios durante dicha rebelión, expresamente señala que “no reconocía más autoridad que la del Vicepresidente Dueñas”.[9] La crisis se resolvió con la rendición del general Barrios ante el presidente Campos mediante la intervención del coronel José María San Martín; desde entonces la enemistad entre ambos personajes se hizo notoria.[10] Durante este último exilio, fue donde ganó liderazgo encabezando la oposición al régimen de Barrios radicada en Guatemala, y que sería decisiva en 1863.
Francisco Dueñas Era un "ferviente defensor de los intereses clericales. Los propietarios en un tiempo habían tomado los votos como dominico, pero cuando los conventos fueron cerrados en 1829, dejó el claustro y aseguró una dispensa papal. Bajo su liderazgo, "el partido clerical estaba en ascenso y El Salvador experimentó una reacción conservadora de gran alcance
Eterno adversario político de Gerardo Barrios, el Conservador Dr. Dueñas fue uno de los personajes que contribuyó a dar una estabilidad política social y militar al país. Inició el proceso de inserción del país en el mundo del comercio internacional
Las presidencias de Francisco Dueñas señalaron una mayor estabilidad política para el país. El verdadero cambio, sin embargo, llegó cuando su derrocamiento en 1871 marcó el comienzo de un período de 60 años de gobierno por parte de los liberales.
Tumba de Francisco Dueñas en Cementerio de los Ilustres en San Salvador.
