Francmasón, fue elegido venerable maestro de la logia masónica napolitana "La philantropia".
En el mismo año, Pagano buscó un refugio a Roma, donde fue recibido por miembros de la República Romana, lo que le dio la oportunidad de enseñar derecho público.
Se trasladó por un corto tiempo en Milán y, después de la huida del rey Fernando IV en Palermo, regresó a Nápoles el 1 de febrero de 1799, cuando se estableció la República Partenopea.
El general francés Jean Étienne Championnet lo nombró entre los miembros que debían presidir el gobierno provisional.
Con la llegada del ejército monárquico comandado por el cardinal Fabrizio Ruffo, tomó las armas para defender el gobierno filo-jacobino pero, fallida la resistencia, fue detenido y condenado a muerte.