Después, fue promovido a tesorero general, un puesto que involucraba el ministerio de guerra.

Ruffo de su cargo y se ofreció a nombrarlo cardenal (según el tradicional proverbio latino promoveatur ut amoveatur).

En diciembre de 1798, las tropas francesas avanzaron sobre Nápoles, y Ruffo huyó a Palermo con la familia real.

Respaldado por la flota rusa del almirante Ushakov, Ruffo no tuvo dificultad en derrocar al gobierno republicano partenopeo establecido por los franceses, y en junio había avanzado hacia Nápoles.

Posiblemente, excediendo su autoridad, prometió a los republicanos napolitanos inmunidad contra represalias y obtuvo su rendición en junio de 1799.