No debería existir espacio entre el '>' y la primera letra del identificador.
Un ejemplo simple de una secuencia en el formato FASTA puede ser: La línea de cabecera, que comienza con '>', proporciona un nombre y/o un identificador único a la secuencia, y a menudo bastante información adicional.
En el formato FASTA Pearson original, uno o más comentarios, distinguidos por un carácter ';' (punto y coma) al comienzo de la línea, podían aparecer tras la cabecera.
La siguiente tabla incluye las diferentes extensiones utilizadas en archivos FASTA en función de su contenido.
También pueden conseguirse otras herramientas libres para conversión por lotes desde formatos de cromatogramas (ABI/SCF) a FASTA: ABI2FASTA converter y Chromatogram explorer.