No se tiene documentos escritos por los mismos pueblos pre-incas e incas que reflejen algún tipo de pensamiento filosófico, solo se poseen referencias que datan a los años posteriores a la conquista del Imperio Inca, siendo estos procedentes de cronistas españoles o mestizos.
Al teorizar sobre esta fase, se debate la presencia o no de la filosofía en la estructura del pensamiento inca.
Además, otros jesuitas se encuentran Nicolás de Olea (introductor del cartesianismo al Perú.
Ante ello, se impuso una doctrina llamada como probabilismo (surgida a fines del siglo XVI), cuyos partidarios fueron principalmente los jesuitas.
Para los defensores de la escolástica, el probabilismo se manifestaba como la base teórica para una moral laxa.
Además, al buscar un punto de vista político alternativo, se sostuvo que la soberanía residía en el pueblo.
Los jesuitas, en dicha etapa, empezaron a alentar las tesis probabilistas para limitar el poder proveniente de la metrópoli.
Este proceso es paralelo a las luchas indígenas por la recuperación de su autonomía, encabezadas por Túpac Amaru II.
Por ello los filósofos se remitieron a otros productos del pensamiento europeo no español.
Influenciado por el inglés Herbert Spencer, se exalta la ciencia como generadora de orden y progreso.
Proclama «libertad académica» en los claustros universitarios, y empieza a hacer una sistematización del pensamiento europeo, pero no hay un abordaje riguroso la problemática nacional.
Surgen así las siguientes corrientes: Se establece, a partir de los años sesenta un cuestionamiento por la ligereza con la que los claustros universitarios venían procesando la realidad nacional.
Por otro lado, Francisco Miró Quesada Cantuarias, desde una óptica humanista, propone pautas para desarrollar el «proyecto del filosofar latinoamericano».
Recientemente se ha desarrollado la filosofía de la liberación, cuyo principal iniciador es, nuevamente, Augusto Salazar Bondy.
En constante polémica con la tendencia eurocéntrica (Rivara, David Sobrevilla) han cobrado vigencia en los últimos tiempos las investigaciones filosóficas sobre la Filosofía andina (Antero Peralta, Pacheco Farfán, Ladislao Cuéllar, Díaz Guzmán, Víctor Mazzi, Luis Alvizuri, Odilón Guillén).
Otras corrientes recientes son el posmodernismo y hermenéutica política (Víctor Samuel Rivera), el comunitarismo de tendencia liberal (Miguel Giusti), neokantismo (Odilón Guillén), la tradición analítica (Pablo Quintanilla), anetismo-hiperimperialismo-hermenéutica remitizante (Gustavo Flores Quelopana), de la esperanza (Noe Zevallos), Epistemología (Germán Berríos), filosofía de la historia (Augusto Castro, Juan Huamanía Córdova, Ladislao Cuéllar), realismo moderado (Pedro Rodríguez), realismo aristotélico-tomista con diversos matices (Genara Castillo Córdova, Luis Francisco Eguiguren Callirgos, Luz González Umeres)