Con la ayuda del ingeniero Azhabel P. Bell, Jones fundó una compañía en Liverpool, Reino Unido para financiar la construcción.

La obra tuvo tal magnitud que colocó al pequeño ferrocarril como el octavo más antiguo de toda la red ferroviaria argentina.

En abril de 1899 el ferrocarril transportó a su pasajero más importante cuando el entonces presidente Julio Roca recorrió toda la línea montada en ese año y luego el valle del Chubut.

Además, se afirmó que por detalles técnicos resultaba poco aconsejable extenderla a puntos tan distantes del origen de la línea.

Por último, se especulaba con incluir servicios de ómnibus bajo explotación del ferrocarril para nutrir a las líneas ferroviarias existentes.

[22]​ El gobierno peronista en la década de 1950 realizó fuertes inversiones para que los talleres fabricaran y ensamblaran vehículos ferroviarios.

[26]​ En esta reorganización posterior, bajo el Ferrocarril Roca, la superintendencia de las líneas patagónicas se erigió en Puerto Madryn.

Para esos años el tráfico estaba agonizando; la superintendencia realizó un correcto diagnóstico de la situación: la única solución a los inminentes cierres era la construcción del Ferrocarril Transpatagónico que nunca fue hecho.

En tanto, las otras líneas del Ferrocarril Patagónico quedaron bajo la órbita de San Antonio Oeste que agrupaba bajo su control a la Línea Económica a Esquel, la Línea Económica al Valle del Río Negro y el ramal Viedma - Bariloche.

[29]​ Este ferrocarril como todas las líneas al sur de Río Negro sufrieron baja rentabilidad siempre por su aislamiento.

Los camiones no tenían la necesidad de transbordar sus cargas al ferrocarril para la parte final del viaje.

Para completar la ecuación desfavorable las líneas patagónicas no tenían población significativa ni en la suma total de sus localidades.

En tanto, las otras líneas del Ferrocarril Patagónico quedaron bajo la órbita de San Antonio Oeste que agrupaba bajo su control a la Línea Económica a Esquel, la Línea Económica al Valle del Río Negro y el ramal Viedma - Bariloche.

La rápida decadencia se explica por una cantidad de factores que afectaron a la red ferroviaria en todo el país.

[35]​ El número excedido de personal que se amplió a 300 empleados, sin ningún control, hicieron menos rentable el servicio.

Esto devino que fueran constantes los reclamos por las condiciones de trabajo; todo ello tornó más impredecible aun el servicio ferroviario.

La CGT reorganizada pasó a ser dirigida por Gilberto Hughes, en un contexto donde se presentaron diversos conflictos con las empresas y entre los mismos dirigentes sindicales, ya que tras la instalación de las primeras fábricas en la zona del valle del Chubut se integró el gremio textil a la central obrera.

No obstante, el funcionario político ya estaba intransigente y pertenecía a la órbita partidaria de Frondizi que ordenaba el cierre.

Casi todos fueron usados por funcionarios, especialmente los relacionados con YCF; lo hacían en trenes chárter, con tres coches de pasajeros.

Por último, el ferrocarril atravesó la vida cotidiana de los pueblos a los cuales servía, por lo que su cultura e identidad también fue dañada con su cierre.

En un primer momento Madryn era solo punta de rieles, y en otros determinados años la cabecera del ferrocarril.

Desde Madryn partía los martes, miércoles y jueves la línea «Central del Chubut» con destino a Dolavon, previo paso por las intermedias.

Esta línea los días lunes y viernes recorría el resto del tendido hasta Alto de Las Plumas.

En 1934 se mostró por primera vez la línea Madryn - Trelew; la misma partía desde las 8:30 todos los días, menos los miércoles y domingos en tren mixto con arribo a las 10:50.

El ramal tenía un servicio de diez trenes mixtos cada semana, y en adición, nueve viajes por coche motor.

La situación de declive del ferrocarril continuó en estación Laguna Grande, Las Chapas y Campamento Villegas se vieron clausuradas.

En la misma línea el viaje también se podía hacer los lunes, martes, jueves y viernes en coche motor desde las 18:10 con arribo a las 19:50.

La última sección de la línea tenía como destino Playa Unión; siendo un viaje ejecutado en coches motor todos los días desde las 10:40 con arribo al balneario a las 11:25.

Solo se aludieron 3 líneas para todo el ferrocarril:[65]​ Algunas de las cuales fueron fundadas por el paso del tren como Campamento Villegas y la Villa Dique Florentino Ameghino.

Con el proyecto se busca garantizar niveles importantes de conectividad con el país y con el resto del mundo, gracias a un corredor bioceánico.