[1]​ En 1896, marchó a combatir la revolución federalista de Loreto, bajo las órdenes del coronel Juan Ibarra y Ortiz.

Allí hizo conocer su intención de formar de inmediato un gabinete puramente militar cuya presidencia encomendaría al general Pedro Pablo Martínez o al general Fernando Sarmiento.

Ese mismo domingo, por la tarde y como si nada pasara, Leguía concurrió al Hipódromo de Santa Beatriz.

Tras recibir un mensaje secreto, Leguía abandonó precipitadamente el Hipódromo y retornó a Palacio en automóvil, siendo su recorrido muy accidentado, pues turbas airadas trataban de atacarlo.

Muchas guarniciones de Lima se plegaron a la revolución del sur.

Ante tal panorama, Ponce quiso renunciar, pero Sarmiento lo disuadió y le dijo que debía evitar el caos y mantenerse en el cargo hasta la llegada a Lima de Sánchez Cerro.

Este llegó en avión el día 27 de agosto y aterrizó en los campos del Country Club, donde lo esperaban los generales Ponce y Sarmiento, entre otros jefes militares, pues ya todas las guarniciones de Lima se habían pronunciado por el jefe rebelde.

Se formó una nueva Junta de Gobierno, que presidió Sánchez Cerro, y donde figuraba Montagne, más no Sarmiento.

Durante la guerra contra Colombia fue nombrado general comandante en jefe de las Fuerzas Armadas del Nor-Oriente.