Durante gran parte de las Guerras Napoleónicas, estuvo al mando del ejército austriaco.

El General Mack se rindió, pero Fernando logró escapar con 2.000 jinetes a Bohemia.

Allí tomó el mando de las tropas austriacas y levantó la milicia local.

Tuvo éxito impidiendo que la división bávara del general Karl Philipp von Wrede se uniera a los franceses en la batalla de Austerlitz.

En 1830 Fernando fue nombrado gobernador militar y civil de Galicia, instalándose en Lviv.