Cuando llegó al poder, su primera tarea fue resolver la relación con su no deseada madrastra, Margarita de Brandeburgo.

En 1533, le dio los distritos de Barth, Tribsees, Grimmen y Breest.

No obstante, un año más tarde ella se casó con su segundo marido el Príncipe Juan V de Anhalt.

Cuando Felipe asumió el gobierno, halló a su país en un tumulto político y eclesiástico.

Bugenhagen continuó visitando las iglesias locales, siguiendo el modelo sajón.

La Reforma gradualmente prevaleció en Pomerania gracias a la incansable actividad de prominentes líderes evangélicos como Paul Rode y Johannes Knipstro.

Felipe creó su propio Alto Tribunal en Wolgast e intentó proporcionar justicia.

Entre 1540 y 1546 amplió el Castillo ducal de Ueckermünde en la desembocadura del río Uecker.

La residencia ducal del Castillo de Wolgast, en una isla en el río Peene, fue reconstruido en varias etapas.