Elegido obispo en 1556 y heredero del ducado en 1560, permaneció bajo la tutela de su tío abuelo Barnim XI hasta que asumió su puesto en 1567.

Mientras que su madre eligió como Alto Mayordomo a Ulrich von Schwerin como administrador del ducado, él fue a la corte del emperador Maximiliano II en Viena y participó en la guerra contra el Imperio otomano.

[3]​ Juan Federico logró elevar a Stettin (ahora Szczecin) como uno de los tres lugares donde era permitido acuñar moneda en el Círculo de Alta Sajonia, siendo los otros dos lugares Leipzig y Berlín.

En consecuencia, Juan Federico rechazo pagar su porción financiera obligatoria al tesoro del círculo, el Kreiskasten.

[11]​ Su repentina muerte durante una fiesta en Wolgast contribuyó a los temores apocalípticos que eran especialmente extendidos en 1600.