Se casó con Ana de Velasco, con la que no tuvo hijos, y posteriormente se casó en Tunja, de donde fue alcalde, con Elvira Zambrana con la que tuvo a Pedro (Alonso) Niño Zambrano, Leonor, Isabel, Laureana, Elvira y Bartolomé Niño Zambrano.
Rama familiar de Francisco Niño Bueno:[8] Pedro (Alonso) Niño González se trajo a varios familiares desde su Moguer natal, ampliando así nuevas ramas del linaje.
Entre ellos, llegó en 1570, su sobrino Francisco Niño Bueno, nacido en Moguer en 1555, hijo de su hermano hijo de Juan Bonilla (Niño) y Leonor Bueno.
Maestro, periodista, filósofo, literato, poeta, además de varias otras actividades académicas.
En su memoria se dio nombre a la Base Aérea Capitán Luis Francisco Gómez Niño[14] El apellido Niño sigue presente hoy día en Colombia, en el Departamento de Boyacá, pero especialmente en la ciudad de Tunja.