Millones de indígenas tenían que ser adoctrinados en el catolicismo por la Monarquía hispánica para tres fines fundamentales: la salvación eterna, el credo católico y su integración a los usos occidentales.
Aora y Tecto fueron llevados por Cortés a evangelizar las Hibueras, pero murieron en el trayecto.
Fue entre 1550 y 1551, cuando ambos discutieron sus posturas en la llamada "Aula Triste" del Palacio de Santa Cruz.
[4][5] Las órdenes minoritarias se dedicaban a atender los hospitales y las escuelas, como los juaninos.
Los frailes se encargaron de la labor evangelizadora y educativa.A la vez, integraron valores del México prehispánico.
En principio, los religiosos se enfrentaron a Felipe II pues los sacerdotes deseaban abolir la esclavitud y la servidumbre predominante entre los indígenas, pero el rey se negó y estuvo a punto de expulsarles de sus dominios.
El Papa Sixto V intervino y concilió a ambas partes.
Se basaron en el modelo monástico europeo, pero añadieron elementos innovadores en la Nueva España como la cruz atrial y la capilla abierta, además de caracterizarse por ostentar diversas corrientes decorativas y una apariencia recia como fortalezas.
Al tomar posesión del Nuevo Mundo, Paulo III, pontífice de Roma, sugirió a Carlos I establecer el Santo Oficio de la Inquisición en América, pero las guerras en que el emperador estaba enfrascado impidieron realizar su objetivo.
Abdicó Carlos I en su hijo Felipe II, quien durante los primeros años siguió la política de su padre, pero pudo instituir el Santo Oficio en Nueva España hacia 1571.
Pedro Moya y Contreras fue el primer inquisidor general del Virreinato hasta su muerte en 1591.
[8] La evangelización en la Nueva España no fue tarea fácil, especialmente en los primeros años de la Colonia, cuando aún estaban arraigadas las costumbres prehispánicas religiosas.
La Virgen le pidió a Juan Diego que fuera a ver al entonces obispo de México, fray Juan de Zumárraga, y le pidiera que construyera el templo.
Años más tarde, esta historia se relataría en el Nican Mopohua escrito en náhuatl por Luis Lasso de la Vega.
Los predicadores católicos persuadían a los nativos de que sus reyes y antepasados habían sido irremediablemente condenados por idolatría.
[14] Tras el advenimiento del primer Borbón a la Corona española, Felipe V en 1700, el nuevo monarca se hizo rodear de consejeros afrancesados enemigos del clero peninsular, lo que de inmediato generó conflictos que se extendieron a lo largo de todo el siglo XVIII.
Fernando VI, hijo y sucesor del anterior, tuvo una política conciliadora con la Iglesia e incluso firmó un concordato con Benedicto XIV en 1753, pero al año siguiente evitó que el clero interviniese en la redacción de testamentos.
El conde de Aranda, su primer ministro, le informó del peligro que representaban los jesuitas para la corona, por sus enseñanzas liberales y por su alianza con Clemente XIII, por lo que el rey determinó expulsarles en 1767, causando así la caída del sistema educativo de la Nueva España, pues los jesuitas eran los mayores educadores de la juventud novohispana.
En su mayoría, el diezmo era usado para cubrir las necesidades de los sacerdotes y pagar tributo a la corona, el resto era enviado al Papa quien lo distribuía en la cristiandad de acuerdo a su criterio.