Tras la separación, se convirtió en el comandante en jefe del Ejército Nacional de Panamá, hasta su renuncia en 1904.Aunque los detalles sobre su vida temprana son escasos, se sabe que Huertas creció en un entorno rural donde las oportunidades educativas y de progreso personal eran limitadas.Es en este contexto que desde muy pequeño Esteban desarrollo los principales pilares de su carácter que años más tarde le ayudarían a escalar en su carrera militar.Luchó en la Guerra de los Mil Días por el lado conservador, donde ganó diversas distinciones.Entre tanto, la tropa colombiana conformada por 500 soldados llegados a Panamá ese día, permanecieron en Colón sin contacto con sus oficiales, sin órdenes precisas y sin transporte para llegar a la Ciudad de Panamá, donde estaban ya bajo arresto sus oficiales.[7] Poco después de quedar a la jefatura del ejército panameño Huertas empezó a tener fuertes desacuerdos con el presidente Manuel Amador Guerro y su gobierno sobre que hacer con el nuevo ejército y el futuro inmeadito del país.Estas tensiones se vieron reforazadas por presiones de Estados Unidos, que buscaba asegurar su influencia en la región y la construcción del Canal de Panamá.
