Lamentablemente la idea original del Estado Mayor fue decayendo y para 1892, sólo sobrevivía una pequeña sección de estadística, pese a ello al asumir la Presidencia de la República el General José María Reina Barrios, decidió reunir todos los elementos posibles para organizar nuevamente al Estado Mayor, publicándose la Ordenanza Militar que especificaba: “Artículo 100.- El Cuerpo de Estado Mayor, será organizado con Jefes y Oficiales de distintas armas, que hayan terminado sus estudios en la Escuela Politécnica, o que hayan sido promovidos a Oficiales mediante el examen de promoción, eligiéndose entre ellos, los que mejores notas hayan obtenido en su carrera, y siendo condición precisa, llevar un año por lo menos de servicio efectivo en el ejercicio de su grado.

Artículo 104.- El Mayor General, como Jefe del Cuerpo de Estado Mayor bajo las inmediatas órdenes del Jefe Supremo del Ejército, dispondrá la forma más conveniente para la movilización y distribución de fuerzas al abrirse una campaña, y destinará a sus Jefes y Oficiales a las distintas columnas expedicionarias, para forma parte del Estado Mayor de las mismas, bajo las órdenes e inmediata dependencia de los jefes de ella.” Estos artículos serán la base para la futura organización del Estado Mayor; sin embargo, el asesinato del General Reina Barrios interrumpió en parte, los planes al respecto.

Luego del desalojo del poder de aquel gobernante en 1920, se reorganizó en forma definitiva las condiciones efectivas del Estado Mayor nombrándose para el puesto al General José María Orellana; además de elaborarse y aprobarse el Reglamento interno, que delimitaba la organización y funcionamiento de cinco secciones.

Quinta Sección, desempeñaba lo concerniente a historia, memorias, estadísticas militares y administración.

Para el 24 de mayo de 1927, la Mayoría General del Ejército, que era considerada el Centro Directivo del Estado Mayor, fue desarticulada, otorgándole la total iniciativa y mando al Jefe del Estado Mayor, quien hasta entonces había limitado su accionar por aquella oficina; en tal fecha el nombre original fue transformado al de Estado Mayor del Ejército, nombre que mantuvo hasta el 1 de enero de 1969 en que fue sustituido por el de Estado Mayor General del Ejército, al cual se le atribuye lo siguiente: “Articulo 20.- El Estado Mayor General del Ejército es el Centro Técnico y Consultivo del Ejército de Guatemala, Asesora al Ministro de la Defensa Nacional, en todos los asuntos militares.

Artículo 22.- Para ser Jefe del Estado Mayor General del Ejército se necesita llenar los mismos requisitos y calidades establecidas en el Artículo 15 de la presente ley.