Históricamente, Aranjuez ha constituido un nudo ferroviario en el que se bifurcaban varias líneas férreas, Madrid-Valencia y Aranjuez-Valencia.
El edificio tenía una fachada con un gran arco central y otros cuatro arcos menores a cada lado.
Queda pendiente la construcción de un nuevo paso inferior con escaleras mecánicas y ascensores para personas con movilidad reducida.
La estación se encuentra al oeste del casco antiguo de la ciudad.
El material utilizado en la fachada es el ladrillo rojo visto, con azulejos decorativos y un zócalo de piedra que abarca toda la planta baja.
En lo alto, una cornisa coronada con dentículos, en sucesión horizontal, genera una sensación de huecos vacíos y llenos, dando el toque tan característico a la estación.
En la parte trasera, existen tres andenes, cada uno protegido con sendas marquesinas con columnas de hierro.
Los sábados y festivos el horario se mantiene en un tren cada 30 min todo el día.
Desde sus inicios, la estación fue un importante nudo ferroviario, al pasar por sus vías los trenes procedentes de Madrid que se dirigen a Andalucía y Levante.
Hoy en día, siguen manteniendo parada trenes regionales con destino Alcázar de San Juan, Albacete y Jaén.