Entre el 2002 y el 2012, se denominaba como C-3a el servicio prestado por el ramal Pinto-San Martín de la Vega, pero se suspendió el servicio por baja demanda de viajeros.

[1]​ El origen de la línea se remonta a 1851, cuando la MZA puso en funcionamiento el primer tramo del ferrocarril Madrid-Alicante, popularmente conocido como Tren de la Fresa.

El tramo Madrid-Aranjuez fue el segundo puesto en marcha en la península ibérica, tras el Barcelona-Mataró, que entró en funcionamiento en 1843.

Inicialmente la línea tenía un ramal desmontable que llegaba hasta las mismas puertas del Palacio Real de Aranjuez.

Tras una reestructuración de la línea, para dar continuidad hacia Andalucía y Levante, se construyó en 1927 la actual estación de Aranjuez, más alejada del Palacio y del casco urbano.

El mismo día, se incorporaron a la línea los nuevos trenes Civia, sustituyendo a los veteranos trenes 440R, que habían prestado servicio durante décadas.

Desde entonces, los trenes de Cercanías dejaron de detenerse en la estación, dejando a la localidad sin servicio ferroviario y aumentando la dependencia del transporte por carretera.

A pesar de las quejas de algunos vecinos, la estación quedó en desuso y su infraestructura se ha ido deteriorando con el paso del tiempo, mientras los trenes continúan circulando por la línea sin hacer parada en Seseña en la actualidad, la estación sigue cerrada y en estado de abandono, aunque existen movimientos vecinales y políticos que solicitan su reapertura para mejorar la movilidad en la zona.

Entraron en funcionamiento en 1997, con tres servicios diarios desde Aranjuez (7.12, 7.42 y 8.12), que paraban alternativamente en Ciempozuelos, Valdemoro o Pinto sin ninguna otra parada intermedia.

Otras obras previstas son la creación de nuevas estaciones en Getafe (Parque Andalucía), Pinto (La Tenería)[4]​ y Valdemoro (El Espartal).