Después de acabar con éxito la temporada 1997-98, en la 1998-99 se produjo el descenso a la Tercera División.El filial blanquiazul recuperaría la categoría perdida la temporada anterior al acabar en segundo lugar e imponiéndose en la promoción de ascenso a Segunda División B al CD Onda, AD Mar Menor y PD Santa Eulalia.En la temporada 2001-02, el filial blanquiazul comenzó disputando la primera jornada en el Parque del Migdia por última vez.En dicha temporada logró además el que es hasta la fecha el mejor resultado del equipo al acabar en segundo lugar en la Liga estando encuadrado en el grupo II.Este éxito, sin embargo, no tuvo la continuación esperada en la promoción de ascenso a Segunda ya que el equipo quedó en último lugar, cuarto, en una promoción en la que no se ganó ni empató ni un solo encuentro.Por delante quedaron el Pontevedra CF, el Real Madrid Club de Fútbol "B" y el UD Almería; este último fue el que ascendió a Segunda.En dicha promoción el filial blanquiazul perdió la categoría al salir derrotado por tres goles a dos en el global de la eliminatoria.[13] Por este motivo, las temporadas 2012-13 y 2013-14 el filial blanquiazul volvió a jugar en la Segunda División B logrando la permanencia en la categoría sin pasar apuros.La nota positiva fue la aportación de cuatro futbolistas al primer equipo, los conocidos como Generación Chen.[14] La temporada 2017-18 el equipo logra una primera vuelta que roza la perfección con 16 victorias y sólo tres empates.Esto, sumado a una gran segunda vuelta en la que se mantuvo 30 partidos sin perder, propició la primera plaza en el campeonato y la clasificación para los play-off de ascenso.Durante la temporada 2018-19 el equipo transitó en la zona media de la tabla e incluso estuvo inmerso en la lucha por las plazas de play-off a Segunda División hasta la última jornada del campeonato liguero, donde, tras llegar en cuarta posición, finalmente acabó en una más que meritoria quinta plaza.Víctor Cea Julián López de Lerma Borja Esteve Juan Antonio Cañadas Rafa Alba Marc Aristoy Rubén Cabanillas Tiago García Plantilla en la web oficial F.C.
