La siguiente temporada, la 2006-07, pasa al grupo 12, en el que termina tercero de catorce participantes.

Tras la liquidación de la Sociedad Deportiva Compostela en 2006, su expresidente, José María Caneda, pasa a ocupar la presidencia del SD Campus Stellae, y adquiere mediante subasta pública el nombre comercial "Sociedad Deportiva Compostela" y las marcas del equipo extinguido, utilizándolas en el SD Campus Stellae a partir del inicio de la temporada 2007-08.

La temporada fue mala pero tuvo sus buenos momentos, como ser el primer equipo en puntuar en Ipurúa de Éibar, tras ir perdiendo 2-0, y al final empatar a dos, o la victoria en Pasarón contra el Pontevedra por 1-2.

Gayoso duraría escasas semanas en el cargo, recuperando de nuevo la presidencia el polémico dirigente Caneda.

Después de 2 años en Preferente el club es campeón y asciende a Tercera División la temporada 2011/12.

Tan solo un año más tarde, consigue terminar la fase regular de Tercera División ocupando el tercer puesto, el cual le otorga el derecho a participar en el play off de ascenso a Segunda División B.

En la temporada 2014/15 se hace con los servicios del entrenador Iñaki Alonso para intentar el salto de categoría a la Segunda División.

Tras una temporada bastante regular el equipo acaba sexto no consiguiendo el ascenso pero si la clasificación para la Copa del Rey.

La segunda eliminatoria contra el Salmantino, el Compos llega al partido de vuelta en San Lázaro con un empate 1-1.

Le tocó en suerte el Deportivo Alavés B, un filial entrenado por el ex míster compostelanista Iñaki Alonso.

Pese a todo, le dio la vuelta al marcador y se colocó con un favorable 3-1.

Se adelantaron los vascos en el marcador a la media hora de juego, pero antes del descanso Aythami puso la igualada.

En el segundo acto, Santi Gegunde y otra vez Aythami, en el minuto 84, colocaron por delante al cuadro santiagués.

La primera vez que el club local jugó en el estadio fue un partido de pretemporada frente al Real Oviedo mientras que el primer gol oficial en el mismo correspondió a la S. D. Compostela en la victoria en la segunda jornada de la temporada 1993-94 frente al C. D. Leganés por 2-1 siendo Fabiano, emblemático jugador de la historia del club, el primer goleador del encuentro.