Márquez, sin embargo, no fue convocado para la final, pues en esa época apenas contaba para el técnico, Javier Clemente, y acabó abandonando el club al finalizar la temporada.

Tras colgar las botas en el Europa, pasó a los despachos del club barcelonés como secretario técnico.

[4]​ Su debut no pudo ser más prometedor, conquistando contra todo pronóstico la Copa Cataluña ante el FC Barcelona.

Posteriormente, se vinculó al fútbol base del RCD Espanyol,[5]​ donde fue subiendo peldaños año a año (cadete, juvenil y RCD Espanyol B)[6]​ hasta llegar al banquillo del primer equipo en la temporada 2004/05, primero como segundo de Miguel Ángel Lotina; y posteriormente, de Ernesto Valverde.

[13]​ En junio de 2017, fichó por el equipo belga del Sint-Truidense,[14]​ pero dejó el cargo tras sólo dos meses y dos partidos oficiales.

[15]​Un año después, su equipo ganó la división, logrando el ascenso a la Qatar Stars League.