Cieza no llegó a publicarlo en vida y permaneció inédito hasta 1880, cuando fue editada bajo el cuidado del erudito español Marcos Jiménez de la Espada, aunque existe una anterior edición que se quedó en pruebas, a cargo del historiador peruano Manuel González de la Rosa (1873).
Un segundo manuscrito de la obra fue hallada en la Biblioteca Apostólica Vaticana por la profesora Francesca Cantù, que la consideró ológrafa del autor.
Un tercer manuscrito estuvo en poder del bibliófilo español José Sancho Rayón, que lo mostró a Jiménez de la Espada.
Se trata, en rigor, de la primera historia integral del Tahuantinsuyo, pues los cronistas que precedieron a Cieza se habían limitado a recoger escasos y dispersos datos sobre los incas, concentrándose más que nada en los hechos de los primeros conquistadores españoles.
La crítica histórica ha sido unánime al considerarla como una obra fundamental para el estudio de la historia inca.