[4]En 1973, al ser destituido como comandante Fabio Vásquez Castaño, primer jefe del ELN, Pérez ascendió a cargos directivos de la organización, y en 1978 pasó a ser responsable político y comandante de la organización guerrillera.
En 1962, Pérez se adhirió a la Obra para la Cooperación Sacerdotal Hispano-Americana (OCSHA) y cursó sus estudios teológicos en un seminario en Madrid.
Admiraba al Che Guevara en la revolución cubana y luego su labor en Bolivia.
[8] Pérez salió ocho meses después y clandestinamente de las islas Canarias en 1969, con una documentación falsa y acompañado por José Antonio Jiménez Comín y Domingo Laín, entró en el grupo Golconda para enrolarse en las filas del Ejército de Liberación Nacional (ELN), fundamentados en la teología de la Liberación.
Tras recobrar la capacidad militar y económica gracias a las extorsiones a las multinacionales alemana Mannesmann y la italiana Sicim, además de los ataques al oleoducto Caño Limón Coveñas.
Se constituyeron 4 frentes de guerra: el nororiental, norte, noroccidental y suroccidental, prefigurando un quinto en el centro del país.
[21] En 1993 propone diálogos de paz con el gobierno colombiano,[25] los cuales se dieron infructuosamente a cabo en Caracas y Tlaxcala.
[29][30] Pérez convivió con "Mónica", una exmonja vinculada a la guerrilla con la que tuvo una hija.