Debido al doble cargo que monseñor Gerardo Valencia Cano ostentaba como vicario apostólico y como superior general de los Misioneros de Yarumal, a lo que más tarde se añadiría la creación del Departamento de Misiones del CELAM, fue necesario que presentara renuncia al Superiorato lo cual llevó a la convocación del tercer Capítulo General del IMEY en 1959.

El nuevo superior general fue el padre Jesús Emilio Jaramillo, con un mandato de diez años.

Miguel Ángel Builes a la primera sesión del Concilio Vaticano II lo cual le permitió hacer contactos para abrir los primeros campos misioneros en el extranjero, la Santa Sede le encomendó atender las solicitudes venidas del África, en particular el Congo.

Se eligió como nuevo superior general a monseñor Heriberto Correa Yepes, hasta ahora prefecto apostólico de Mitú.

También colaboró en la preparación de la II Conferencia General del Episcopado Latinoamericano en Medellín en 1968.

Luis Eduardo García, primer Prelado del Instituto Misionero de Yarumal.

Angelo Palmas Nuncio Apostólico de Su Santidad Pablo VI, siendo co-consagrantes principales Mons.

Jesús Emilio Jaramillo Monsalve emprendió varias obras, promovió las vocaciones y buscó atender en la medida de sus posibilidades las necesidades de campesinos, indígenas, colonos y llaneros que conformaban su grey.

Entre sus obras se recuerda la fundación de los Colegios: "La Frontera" y el "Instituto Oriental Femenino" en Tame, el "Equipo del Indio", grupo intervocacional itinerante con cual cual buscó renovar la atención pastoral de la población indígena araucana y del Sarare.

Promovió la fundación de los "Hogares Juveniles Campesinos" del Padre Cadavid en Tame y en Arauquita.

Jesús Emilio Jaramillo fue secuestrado y asesinado por un comando de la guerrilla del ELN.

El cura Manuel Pérez, comandante del ELN, reconoció que el asesinato de Jesús Emilio Jaramillo había sido un grave error.