[2]​ Después de la desmovilización del M-19, el Quintín Lame, el EPL, y el PRT en 1991, solo continuaron en la Coordinadora las FARC-EP, el ELN y una facción del EPL, hasta que en 1994 cada grupo resuelve continuar la lucha armada por separado.

Buscaron una mayor fuerza para sus objetivos, ya que algunas facciones empezaban a desmovilizarse.

Según las fuerzas de seguridad la coordinadora contaría con al menos 60 frentes y al menos 30,000 guerrilleros[8]​ En abril de 1988 se realizaría la II conferencia del movimiento y en agosto del mismo año una tercera reunión.

[14]​ En esta década la coordinadora tomo una posición más conformacional, pero con "las ideas y actitudes políticas, filosóficas y religiosas de la población", así como respetando la autonomía de la población indígena colombiana.

En esta "toma" los guerrilleros participantes pidieron asilo diplomático al gobierno de Venezuela.

[29]​ A pesar de los avances realizados por las negociaciones, hubo ataques armados en ambos bandos, como el realizado en Villavicencio, dejando 9 policías Antinarcóticos muertos, en una emboscada en Santander, dejó 6 oficiales muertos, y finalmente un ataque a un oleoducto que dejó a dos menores de edad muertos y dos heridos.

Antes de eso, el 30 de septiembre del mismo año, se suspendieron los acuerdos entre las guerrillas implicadas y el estado colombiano, esto en respuesta al atentado sufrido por Aurelio Iragorri Hormaza, en el que murieron cinco personas.