Diphoda es un clado eucariota que agrupa a su vez grandes grupos como los corticados (Diaphoretickes) y la mayoría de protozoos excavados (Excavata).
Se ha postulado que dentro de la filogenia eucariota, habría habido una profunda dicotomía en dos grandes grupos: Diphoda y Opimoda, de acuerdo con estudios basados en proteínas mitocondriales que relacionaron a Discoba con los corticados.
[1] La filogenia profunda eucariota no está actualmente consensuada, sin embargo, algunos estudios independientes recientes basados en proteínas de origen bacteriano (Derelle et al.
Sumando el pequeño grupo Hemimastigophora a Diaphoretickes,[4][5] los estudios mencionados postulan la siguiente filogenia: Jakobea Tsukubea Percolozoa Euglenozoa Cryptista Plantae Hemimastigophora Provora Haptista Telonemia Rhizaria Stramenopiles Alveolata Un análisis proteico (2018) incluye además a Metamonada en posición basal,[6] aunque no hay consenso al respecto.
Estudios más recientes recuperan a Metamonada dentro de Opimoda.