Existen tres grupos principales, que son muy diferentes en forma, pero que están relacionados desde un punto de vista ultraestructural y genético: Ciliophora (ciliados) depredadores, Apicomplexa (apicomplejos) endoparásitos de animales y Dinoflagellata (dinoflagelados) fotosintéticos, predadores o parásitos.

La característica compartida más notable es la presencia de alvéolos corticales, vesículas planas dispuestas en una capa continua que apoya la membrana, formando típicamente una película flexible.

[10]​ Es probable que los alveolados ancestrales hayan sido similares a los protalveolados, los cuales presentan características ancestrales como la de ser biflagelados acuáticos, rápidos nadadores y predadores, que presentaban ya alvéolos corticales.

El antecesor de los alveolados podría haber sido fotosintético y después algunos grupos perdieron los cloroplastos.

[11]​ Sin embargo, como los plastos aparecen solamente en los grupos relativamente avanzados, otros piensan que los alveolados carecían de ellos originalmente.

Sin embargo, el descubrimiento de nuevas líneas de alveolados relacionados con los apicomplejos (por ejemplo, Chromera, Vitrella) que poseen genomas plasticiales más completos, ha confirmado una relación robusta entre los distintos plastos del Supergrupo SAR (Stramenopiles + Alveolata + Rhizaria).