Históricamente, la primera organización biológica se debe a Aristóteles (siglo IV a. C.), que diferenció todas las entidades vivas de la naturaleza en dos reinos: animal y vegetal.En 1858, Richard Owen observó la dificultad de clasificar los seres microbianos en animales y vegetales, por lo que propuso crear el reino Protozoa,[1] definiéndolo como el reino que agrupa a los seres en su mayoría diminutos formados por células nucleadas; esto antecedió a las denominaciones Protoctista (John Hogg 1860) y Protista (Haeckel 1866).Se ha establecido que como parte del estudio filogenético, es importante la cuestión sobre el origen de la primera célula eucariota (eucariogénesis).Esto se debe a que esta nueva ciencia cae en sesgos según los modelos y supuestos utilizados para construirla.[4] En consecuencia podemos ver que actualmente las relaciones no están consensuadas, sin embargo, hay importantes coincidencias y consolidación de muchos grupos.[11] Archaeplastida Cryptista Haptista Stramenopiles Alveolata Rhizaria Discoba Metamonada Malawimonada Amoebozoa Opisthokonta Leyendas: [A] Eucariota heterótrofo y flagelado ancestral.En este esquema, quedan por definir varios pequeños grupos de colocación incierta actualmente agrupados en Sulcozoa (Apusozoa + Varisulca).La división en dos grandes supergrupos no está actualmente consensuada, sin embargo, algunos estudios independientes recientes basados en proteínas de origen bacteriano (Derelle et al.Estos estudios dan aproximadamente la siguiente filogenia: Stramenopiles (=Heterokonta) Alveolata Rhizaria Hacrobia Plantae (=Archaeplastida) Hemimastigophora Discoba Metamonada (?)Malawimonadea Ancyromonadida CRuMs (≈Varisulca) Amoebozoa Breviatea Apusomonadida Holomycota → Fungi Holozoa → Animalia Estudios filogenéticos realizados en proteínas bacteriales (2014),[18] las cuales provendrían de la α-proteobacteria ancestral, encontraron que Excavata (en este caso Discoba) sería un grupo basal del siguiente modo: Excavata SARP (=Corticata, Diaphoretickes) Amorphea (=Podiata, Unikonta) Estudios más extensos basados en genes codificadores de proteínas (2014[19] -2015),[20] encontraron que Excavata sería un grupo basal parafilético, en donde la rama más divergente pertenece a Euglenozoa.Un estudio genómico reciente (2015) apoya estas relaciones del siguiente modo:[29] Opisthokonta Apusozoa Amoebozoa Collodictyon-Malawimonas Metamonada Discoba
