Precisamente por ello Archaeplastida es un nombre alternativo de este grupo.
[10] Los investigadores consideran que Archaeplastida y el Supergrupo SAR forman parte del clado Diaphoretickes.
A su vez, estos dos supergrupos junto con Excavata formarían parte del clado Bikonta (células eucariotas con dos flagelos, por lo menos ancestralmente).
Los análisis moleculares recientes dan aproximadamente la siguiente filogenia entre los grupos de arqueoplastidos:[12][13][14][15][16][17][2] Picomonas Rhodelphis Rhodophyta Glaucophyta Chlorophyta Mesostigmatophyceae Spirotaenia Chlorokybophyceae Klebsormidiophyceae Charophyceae Coleochaetophyceae Zygnematophyceae Anthocerophyta Hepaticophyta Bryophyta s.s.
[1] En cuanto a Viridiplantae, el fósil más antiguo conocido corresponde a Proterocladus, un alga verde de estructura filamentosa uniseriada, ocasionalmente ramificada, que vivió hace 1000 millones de años.