Jakobida

[2]​ Se incluyen en el clado Excavata, junto con otros organismos flagelados similares.[5]​ Las especies nadadoras de vida libre han sido encontradas en una amplia gama de ambientes incluyendo agua dulce, salada, suelo e incluso en hábitats hipersalinos.En contraste, las especies sésiles solo han sido encontradas en hábitats de agua dulce.Jakobida es una excepción, debido a que su genoma mitocondrial contiene más genes funcionales que los demás organismos, conservando muchas características idénticas al genoma de las proteobacterias alfa que dieron origen a las mitocondrias, esto representa un gran interés evolutivo y una fuerte evidencia que apoya la teoría endosimbiótica de Lynn Margullis.Jakobea comprende cuatro familias distribuidas entre dos subórdenes: Jakobea forma parte del clado Discoba, un robusto subgrupo de Excavata constituido sobre la base de análisis filogenéticos multigen, que contiene a Percolozoa (=Heterolobosea), Euglenozoa, Jakobea y recientemente Tsukubamonas.