En 1992, llegó a la Universidad Católica de Lovaina (Bélgica), obteniendo una Maestría en Artes en Economía.

[2]​ Bajo su liderazgo, se aprobó una reforma a la Ley de Hidrocarburos, que permitió recuperar para el Estado ecuatoriano el 50 % de los ingresos obtenidos por las compañías petroleras privadas.

[3]​ Durante su período de gestión, el Ministro de Energía y Minas, Iván Rodríguez, declaró la caducidad del contrato con la compañía Occidental Petroleum Corporation, que estaba produciendo 100.000 barriles diarios.

El Ministro Borja organizó la gestión del fondo petrolero CEREPS, estableciendo prioridades en la inversión pública, y dirigiendo dichos fondos hacia la inversión en producción y refinación de petróleo, generación hidroeléctrica, infraestructura, educación, salud y el ambiente.

Durante su gestión se organizó el Sistema Nacional de Microfinanzas.

También se inició la constitución de lo que, posteriormente, sería el FEISEH (Fondo Ecuatoriano de Inversión en los Sectores Energético e Hidrocarburífero), para salvaguardar los recursos petroleros adicionales para la inversión en hidroelectricidad e hidrocarburos.

En 2007 fue elegido como asambleísta constituyente por la provincia de Pichincha para la Asamblea Nacional Constituyente, como parte de una alianza electoral, del movimiento político Poder Ciudadano y el partido Izquierda Democrática.

Como asambleísta constituyente participó en la mesa n.º 6: “Trabajo, Producción e Inclusión Social”.

El ahorro que alcanzó el país con esta operación le permitió destinar recursos para inversión social a favor de una política de inclusión social y equidad.

Esta línea de política económica favoreció a la producción nacional de productos como confecciones, calzado, alimentos, bebidas, utensilios domésticos, entre otros, que contribuyó, además, a aumentar el empleo.

Durante el período 2009-2010, se instrumentó una política de tasas de interés favorables a la producción, no solo la más grande, como en épocas pasadas, sino también a la mediana y pequeña, y al enorme sector de la economía popular y solidaria, volviendo el precio del dinero más accesible a los ecuatorianos.

También, el BCE impulsó la canalización de remesas a través del sector financiero popular y solidario; superó el monopolio que tenía el sector bancario privado para hacer el pago del Bono de Desarrollo Humano, con participación del sector financiero popular y solidario; se incluyó y capacitó a más de 140 cooperativas de ahorro y crédito en el sistema nacional de pagos.

Este comité, compuesto por 15 miembros internacionales y 15 miembros griegos,[12]​ tenía como objetivo analizar y esclarecer la naturaleza de la deuda que sumió a Grecia en una profunda crisis económica.

Junto a otros miembros del Movimiento Poder Ciudadano, Borja continúa librando una batalla legal para que esta organización, excluida arbitrariamente del registro electoral, sea rehabilitada y pueda participar nuevamente en la vida política y electoral del país.

En particular, cuestionó la eliminación de los subsidios a los combustibles, que provocó una masiva protesta en octubre de ese año, encabezada por el movimiento indígena y otras organizaciones populares, como estudiantes, trabajadores, pobladores, movimientos de mujeres y ecologistas.

[17]​ Borja tiene un artículo en la revista Ecuador Debate, del Centro Andino de Acción Popular, titulado: “Una vía ordenada para salir de la dolarización y no morir en el intento”, publicado en agosto del año 2000.