El territorio sufrió la ocupación del Imperio otomano, que llevó a la destrucción de todos los monasterios y casi todos los monumentos cristianos.La parte de Bačka se recuperó menos y estuvo cada vez más poblada por la población ortodoxa serbia, además, ni el capítulo catedralicio ni la catedral fueron restablecidos.Desde entonces hasta la Segunda Guerra Mundial, se construyeron muchas iglesias nuevas y el seminario Paulinum.Al mismo tiempo, perdió un tercio de sus creyentes y muchas iglesias se quedaron sin sacerdotes.El obispo Lajlo Budanović pasó la mayor parte de la guerra en una prisión en Budapest.
