La diócesis de Malakal (en latín: Dioecesis Malakalensis y en inglés: Roman Catholic Diocese of Malakal) es una circunscripción eclesiástica de la Iglesia católica en Sudán del Sur.
La diócesis tiene 200 164 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en la antigua provincia de Gran Alto Nilo, que hoy corresponde a los estados del Alto Nilo, Junqali, así como las áreas administrativas de Ruweng y de Pibor.
En marzo de 1964 todos los misioneros extranjeros fueron expulsados de Sudán por el Gobierno militar del general Ibrahim Abboud y debieron trasladarse a Uganda, Zaire y África Central, permaneciendo muy pocos clérigos y catequistas locales.
El 12 de diciembre de 1974 la prefectura apostólica fue elevada a diócesis con la bula Cum in Sudania del papa Pablo VI.
[4] Según la actualización del Anuario Pontificio la diócesis tenía a mediados de 2024 un total de 920 537 fieles bautizados.