[5][6] Su primera modificación importante ocurrió en 1855, con el decreto que redujo el número de departamentos en la provincia a cuatro.
[7] Así, el departamento de Castro sumó las islas Lemuy, Quehui, Chelín e Imelev —que pertenecían al departamento de Lemuy—, y los pueblos o sectores de Chonchi, Vilupulli, Rauco, Terao, Cucao, lago Huillinco, Agoní, Paildad, Compu, Chadmo, Huildad, Queilen, e islas Tranqui y Cailín —hasta entonces pertenecientes al departamento de Chonchi—.
Hacia 1860 el departamento contaba con siete subdelegaciones y 38 distritos:[8] En 1865 las subdelegaciones de Chonchi y Lemuy (Puqueldón) son divididas en dos:[9] El mismo decreto numera las subdelegaciones de la siguiente manera: 1.ª Rilán, 2.ª Quilquico,[a] 3.ª Castro, 4.ª Rauco, 5.ª Chonchi, 6.ª Queilen, 7.ª Puqueldón, 8.ª Aldachildo y 9.ª Chelín.
[12] En 1885 se realiza una nueva demarcación territorial de todo el departamento, la cual lo deja con 15 subdelegaciones y 57 distritos.
[23] El departamento llegó a su fin en los años 1970 tras la «regionalización» del país que realizó la dictadura militar.