Durante la mayor parte de su existencia, administró el territorio históricamente conocido como «Chiloé continental», que desde 1979 corresponde a la provincia de Palena.

Su territorio estuvo originalmente integrado por las islas Quinchao, Linlín, Llingua, Tac, Quenac, Meulín, Caguach, Teuquelín, Alao, Apiao y Chaulinec, con la villa de Achao designada como cabecera.

[13]​ Pero este cambio solo alcanzó a durar ocho años.El departamento fue restablecido en marzo de 1936 , esta vez con las comunas de Achao, Curaco de Vélez y Yelcho, sumando las islas Chauques y retomando Chiloé continental con límites nuevos: Durante las siguientes décadas los límites y división departamental se mantuvieron inalterados, excepto por la creación, en 1944, de los distritos de Ayacara, Chumeldén y Chaitén en el territorio continental.

[19]​ El departamento llegó a su fin definitivo durante los años 1970.

[20]​[21]​ La nueva división provincial, que modificó los territorios provinciales y suprimió los departamentos, entró en vigencia una semana después, el 7 de enero de 1976.