Su demarcación territorial fue fijada en 1863, quedando dividido en cinco subdelegaciones y 23 distritos.

[4]​ De esta forma, en base a las modificaciones de 1885, el departamento quedó con una nueva división administrativa: Durante las siguientes décadas, el departamento continuó teniendo modificaciones, tanto en su división administrativa como en su territorio.

En el caso de Llanquihue, el límite departamental no sufrió importantes variaciones.

Cuatro meses después, en enero de 1926, se publicó el Decreto Ley 803 que creaba nuevas comunas.

[21]​ El fin del departamento de Llanquihue llegó seis días después, con la publicación en el Diario Oficial del Decreto Ley 1317, que dividió las regiones en nuevas provincias.

La mayor parte del territorio del departamento pasó a integrar la nueva provincia de Llanquihue, excepto los distritos de Contao, Hualaihué, Río Negro, Lleguimán y Queullín, que se anexaron a la provincia de Chiloé.