La 78.ª Copa del Emperador (第78回天皇杯全日本サッカー選手権大会, Dai 78-kai Tennōhai Zennihon Sakkā Senshuken Taikai?)
El campeón fue Yokohama Flügels, tras vencer en la final a Shimizu S-Pulse.
De esta manera, el conjunto de la capital de la prefectura de Kanagawa volvió a dar la vuelta olímpica luego de cinco años.
Sin embargo, como se había disuelto antes de disputar este torneo, sus lugares tanto en la Supercopa de Japón 1999 ante Kashima Antlers, ganador de la J. League 1998, como en la Recopa de la AFC 1999-2000 fueron ocupados por el subcampeón Shimizu S-Pulse.
[1] Fue disputada por 82 equipos, y Yokohama Flügels ganó el campeonato.