La Recopa de la AFC 1999/2000 es la décima edición de este torneo de fútbol a nivel de clubes de Asia organizado por la AFC y que contó con la participación de 22 equipos campeones de copa de sus respectivos países, 6 equipos menos que en la edición anterior.

El Shimizu S-Pulse de Japón venció al Al-Zawraa de Irak en la final disputada en Tailandia para ganar el título por primera vez.

1 Al Arabi abandonó el torneo 1 El Sembawang Rangers abandonó el torneo antes de jugar el partido de ida 1 Al-Ahli abandonó el torneo en la ronda semifinal y fue reemplazado por el Navbahor Namangan; y más tarde fue suspendido de todas las competiciones de la AFC por un año